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#1 13-03-2018 09:00:50

RODANGES
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Saumons d'élevage

Encore un clou dans le futur cercueil :

Modifications épigénétiques parallèles induites par l'élevage en écloserie chez un saumon du Pacifique
Jérémy Le Luyer, Martin Laporte, Terry D. Beacham, Karia H. Kaukinen, Ruth E. Withler, Jong S. Leong, Eric B. Rondeau, Ben F. Koop et Louis Bernatchez
PNAS 2017 Décembre, 114 (49) 12964-12969. https://doi.org/10.1073/pnas.1711229114
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Edité par Nils Chr. Stenseth, Université d'Oslo, Oslo, Norvège, et approuvé le 17 octobre 2017 (reçu pour examen le 21 juin 2017)


Importance
L'élevage en captivité est connu pour avoir un impact sur la forme physique des individus relâchés dans la nature, mais le rôle relatif des processus sous-jacents génétiques et non génétiques est encore débattu. Nous avons mesuré les profils de méthylation à l'échelle du génome afin de documenter les différences épigénétiques entre les saumons du Pacifique provenant d'une écloserie et leurs congénères nés dans deux rivières géographiquement éloignées. Nos résultats apportent la preuve que les modifications épigénétiques induites par l'élevage en écloserie fournissent un mécanisme explicatif potentiel pour la réduction de la forme physique du saumon élevé en écloserie une fois qu'il a été relâché dans la nature.

Résumé
Les stocks sauvages de salmonidés du Pacifique ont connu une baisse marquée de l'abondance au cours du dernier siècle. Par conséquent, des milliards de poissons sont libérés chaque année pour améliorer l'abondance et soutenir la pêche. Cependant, le rôle bénéfique de cette pratique de gestion largement utilisée est fortement débattu depuis que la diminution de la condition physique des poissons d'origine écloserie dans la nature a été documentée. La sélection artificielle dans les écloseries a souvent été invoquée comme l'explication la plus probable de la réduction de la forme physique, et la plupart des études menées jusqu'ici se sont concentrées sur la recherche de signatures de sélection induite par écloserie au niveau de l'ADN. Nous avons testé une hypothèse alternative, que l'élevage en captivité induit une reprogrammation épigénétique, en comparant les modèles génomiques de méthylation et de variation au niveau de l'ADN du saumon coho élevé en écloserie (Oncorhynchus kisutch) avec ceux de leurs rivaux géographiquement éloignés. Nous avons trouvé une proportion très significative de variation épigénétique expliquée par l'environnement d'élevage qui était aussi élevée que celle expliquée par le fleuve d'origine. Les régions différentiellement méthylées montrent un enrichissement pour les fonctions biologiques qui peuvent affecter la capacité des smolts nés en écloserie à migrer avec succès dans l'océan. La variation épigénétique partagée entre les saumons élevés en écloserie fournit des preuves de modifications épigénétiques parallèles induites par l'élevage en écloserie en l'absence de différenciation génétique entre les écloseries et les poissons d'origine naturelle pour chaque rivière. Cette étude met en évidence les modifications épigénétiques induites par l'élevage en captivité en tant que mécanisme explicatif potentiel pour une forme physique réduite chez les saumons élevés en écloserie.

Hors ligne

#2 13-03-2018 09:18:38

RODANGES
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Re : Saumons d'élevage

Et encore un clou:

https://www.hakaimagazine.com/news/hatc … -know-why/
Les écloseries de poissons échouent souvent dans la nature. Maintenant, nous pouvons savoir pourquoi
Écrit par Amorina Kingdon Wordcount 21 décembre 2017
Le saumon sauvage a du mal à retrouver son lieu d’origine. Le long de la côte pacifique de l'Amérique du Nord, les populations de saumon, déjà touchées par la surpêche, ont été forcées d'esquiver le Blob et les phoques affamés. Pendant des années, le Canada a tenté d'aider la population de saumons en relâchant des juvéniles d'élevage ou des saumoneaux dans la nature.
Les scientifiques savent que ces smolts d'écloserie ne font pas bien dans la nature - les poissons ont tendance à mourir plus jeunes que leurs frères sauvages et se reproduisent moins, mais on ne sait pas pourquoi.
Dans une étude récente, cependant, les chercheurs pensent qu'ils ont trouvé une explication possible. Dans deux cours d'eau de la Colombie-Britannique, des chercheurs ont capturé des saumoneaux coho qui se dirigeaient vers la mer pour la première fois. Certains poissons étaient nés dans des écloseries, tandis que d'autres étaient sauvages. En comparant la génétique des smolts d'écloserie et de naissance sauvage, les scientifiques ont découvert une énorme différence entre les deux populations. Mais les changements n'étaient pas tant dans leur génétique que dans la façon dont leurs gènes étaient régulés et exprimés - leur épigénétique.
L'épigénétique est le processus physique et moléculaire qui contrôle la manière dont les instructions contenues dans l'ADN sont exprimées ou transformées en protéines qui affectent la vie de tous les jours. Souvent, l'épigénétique provoque l'expression d'un gène plus ou moins fréquemment qu'il ne le ferait autrement. Tout, du stress aux produits chimiques aux processus naturels comme la puberté, peut provoquer des changements épigénétiques. Certains changements sont temporaires ou réversibles, tandis que d'autres durent éternellement.
Dans le cas du saumon, Louis Bernatchez, biologiste de la population de l'Université Laval qui a travaillé sur la nouvelle recherche, a constaté que les saumoneaux cohos et les saumons coho nés à l'état sauvage ont des profils génétiques similaires - ce qui est logique puisque certaines parties de leur ADN ont une épigénétique très différente. Mais plus que cela, Bernatchez a constaté que tous les poissons élevés en écloserie avaient des changements épigénétiques similaires, même pour les poissons élevés dans différentes écloseries.
Tout comme deux cassettes différentes mâchées au même endroit de "One More Night" suggèrent un problème avec le magnétophone, Bernatchez soupçonnait qu'il y avait quelque chose dans la vie de l'écloserie qui déclenchait des changements épigénétiques. Il souligne deux caractéristiques comme suspects possibles: la nourriture atypique et la surpopulation.

"Certains de ces gènes sont importants dans l'appétit, important dans l'osmorégulation", dit Bernatchez. Il souligne que ces effets épigénétiques n'expliquent pas nécessairement les lacunes du poisson d'écloserie en tant qu'adultes. En partie, c'est parce qu'il n'est pas encore clair quels traits ils affectent, ou combien de temps durent les changements. Mais cela ouvre de nouvelles avenues à explorer.
Dans l'État de Washington, la truite arc-en-ciel de l'écloserie fait aussi piètre figure à l'état sauvage. Mais Penny Swanson, directrice de la division du Centre des sciences des pêches du Nord-Ouest, affirme que même si l'épigénétique peut jouer un rôle, d'autres facteurs pourraient expliquer les luttes des poissons d'écloserie.
Par exemple, les poissons qui vont bien dans les écloseries ont souvent un appétit vorace et grandissent rapidement, dit-elle. Cela leur sert bien en captivité, mais pas dans la nature, où la recherche de nourriture et la faim persistante sont plus importantes. Mais il n'est pas clair si les conditions d'écloserie conduisent à une forme de sélection artificielle, où les gobeurs les plus rapides survivent, ou si la nourriture, la température ou le mode de vie relativement sédentaire modifient les gènes du poisson par des effets épigénétiques.
Swanson pense que la recherche de Bernatchez jette des bases importantes pour démêler les différents facteurs, mais il y a encore beaucoup à étudier, comme l'épigénétique dans les poissons à différents âges. C'est difficile à faire avec les populations sauvages, dit-elle, par rapport aux animaux captifs ou domestiques sur lesquels la plupart des recherches en épigénétique sont effectuées, parce que la variation génétique naturelle est beaucoup plus large et moins comprise.
Mackenzie Gavery, un chercheur postdoctorant travaillant avec Swanson, convient que c'est important pour suggérer que les changements épigénétiques observés dans les smolts affectent leur succès en tant qu'adultes. Il y a un grand écart entre le moment où les saumoneaux partent en mer et quand ils reviennent se reproduire à l'âge adulte, dit-elle. Gavery note également que de nombreux changements épigénétiques sont naturels, transitoires et même réversibles. Comme le fait de redresser un ruban de cassette torsadé en le rembobinant avec un crayon, les changements épigénétiques chez les saumoneaux peuvent avoir disparu au moment où ils reviennent frayer.
Bernatchez espère que d'autres études permettront de démêler la persistance des changements épigénétiques et de clarifier la façon dont ils se manifestent chez le poisson. Mais c'est un nouveau domaine, et les chercheurs ont encore un long chemin à parcourir.

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